Na maior parte dos casos, candidíase oral tem um bom prognóstico. A infeção geralmente limpa facilmente, após uma ou duas semanas de tratamento antifúngico, especialmente quando o diagnóstico precoce for alcançado e o fator de predisposição for eliminado.
Recorrências podem ocorrer em pacientes de risco, que tenham um fator predisponente para continuação de ocorrências.
Em alguns pacientes, candidíase esofágica pode surgir. Candidíase oral pode ser o primeiro sinal de candidíase esofágica em pacientes com AIDS. Candidíase também pode desenvolver-se e complicar com radioterapia de cabeça e pescoço ou quimioterapia sistêmica, causando dificuldades de diagnóstico e terapêutica. Diagnóstico precoce e tratamento precoce da candidíase oral podem reduzir significativamente a incidência de candidíase esofágica.
Em indivíduos suscetíveis, imunocomprometidos e imunodeficientes, a candidíase oral pode estender-se a nível regional, podendo ocorrer como uma infeção com risco de vida. Candidíase hematogénea é uma das infeções da corrente sanguínea hospitalares mais comuns, com uma alta taxa de mortalidade. Diagnóstico precoce e tratamento precoce da candidíase oral podem reduzir significativamente a incidência de candidíase sistêmica.
Candidose oral ou aumento do número de organismos de Candida podem complicar e agravar líquen plano bucal e outras doenças auto-imunes da mucosa oral.
Antifúngicos são recomendado, por alguns autores, para portadores de Candidíase oral de líquen plano sintomático, antes ou concomitantemente com medicação corticosteróide.
Organismos Cândida podem penetrar no epitélio da leucoplasia não-específica e candidíase pode ser sobreposta a leucoplasia. O aumento do risco de alterações displásticas de leucoplasia, tem sido atribuída à penetração por organismos Cândida.
Terapia antifúngica pode modificar a apresentação clínica da leucoplasia, de não-homogênea para homogênea.
Uma complicação importante que tem que ser levada em consideração, nos casos de candidíase persistente, e que precisam de longo tempo de tratamento antifúngico, é o potencial desenvolvimento de cepas de Candida resistentes aos antifúngicos.
